A identificação das cianobactérias é a base de estudos de manejo de ecossistemas aquáticos. Além disso, podem oferecer subsídios que envolvem prevenção e controle de florações potencialmente tóxicas. Neste estudo, foram coletadas amostras em corpos d´água do Oeste Paulista, Brasil, região pouco estudada do estado de São Paulo, nas estações de chuva e seca. As cianobactérias foram isoladas em cultivo e sua morfologia comparada às amostras da natureza logo após as coletas objetivando o auxílio na identificação das populações. Foram identificados 16 táxons pertencentes às famílias Pseudanabaenaceae, Phormidiaceae, Oscillatoriaceae, Nostocaceae, Microcystaceae e Merismopediaceae. Das populações identificadas, Cylindrospermopsis raciborskii e Anabaena spp. são potencialmente tóxicas. A observação dos organismos em cultivo auxiliou e, muitas vezes, tornou possível a identificação taxonômica visto que muitas características como movimento e divisão celular só são observáveis em organismos vivos.