O presente trabalho teve como objetivo monitorar a comunidade zooplanctônica do Rio Mossoró, no Rio Grande do Norte, onde são desenvolvidas a carcinocultura e a produção de sal, caracterizando-a e observando a sua variação ao longo do seu curso, em um período de dois anos. As coletas foram realizadas com o auxílio de uma rede de plâncton de 25 cm de diâmetro, com malha de 44m, através de arrasto oblíquo. Foram selecionados 17 pontos ao longo do rio e coletadas três réplicas em cada um deles. As amostras foram fixadas com formol a 4%. A contagem dos organismos foi efetuada com o auxílio de uma câmara de contagem do tipo Sedgwick-Rafter, observada em microscópio óptico, contando-se um mínimo de 100 indivíduos e a identificação através de literatura especifica. Os resultados obtidos revelaram que os Rotifera apresentaram um alto nível de sucessão ecológica durante o período de estudo. Rotíferos e cladóceros foram mais abundantes nas estações com baixos índices de salinidade, apresentando uma distribuição heterogênea ao longo do rio. Por serem resistentes a flutuações na salinidade, os Copépodos foram constantes e abundantes ao longo de todo o rio. Formas meroplanctônicas foram mais abundantes em locais com altos índices de salinidade, embora os grupos não fossem os mesmos. A comunidade zooplanctônica do Rio Mossoró foi mais influenciada pelas águas fluviais do que pelas oceânicas nos meses chuvosos de 2004. A abundância e a diversidade da comunidade zooplanctônica foi inversamente proporcional aos níveis de salinidade do meio em que vivem. O período chuvoso alterou fortemente a distribuição e a abundância dos organismos ao longo do estuário.
