O lançamento de efluentes sem tratamento prévio em ambientes aquáticos pode resultar em acumulação crônica de nutrientes, principalmente fósforo e nitrogênio, levando ao processo de eutrofização artificial. As atividades de aquicultura produzem resíduos e efluentes que frequentemente necessitam ser removidos, no intuito de equilibrar o sistema e evitar que o mesmo entre em declínio. Foram montados dois reatores, inoculados com água proveniente de cultivos heterotróficos de camarão marinho, para operarem em regime contínuo, objetivando a diminuição de parâmetros como amônia, ortofosfato e demanda química de oxigênio, que em excesso, são prejudiciais ao meio ambiente. Os dois reatores operaram simultaneamente durante 120 h, nas etapas de recirculação. A vazão permaneceu constante em 2880 L dia-1 e 5760 L dia-1 nas 120 h de funcionamento recirculado com uma vazão de 1 L min-1 e uma vazão total de afluente de 1440 L dia-1, o que resulta em um TRH de 0,35 dias ou 7,2 h. Verificou-se neste tipo de reator, que o controle de fluxo de forma ascendente foi essencial, pois permitiu a retenção da biomassa com uma mobilidade limitada em relação a suspensão do lodo. Esta dinâmica contribuiu essencialmente para agregação de mais matéria orgânica, clareamento da água e queda nos parâmetros químicos de ortofosfatos, compostos nitrogenados e amônia. Os resultados indicam ainda a necessidade de estudos complementares em atividade metanogênica. O tempo necessário para o tratamento em relação a operação do sistema é baixo. As condições operacionais do sistema conseguiram tratar efetivamente a água, deixando o efluente final com as características exigidas pela legislação ambiental CONAMA relacionados à matéria nitrogenada e aos demais parâmetros físicos e químicos.